Єзуїти, що прибули до Львова наприкінці XVI ст. не змогли отримати достатньо простору для побудови храму, оскільки місто було щільно забудованим. Проте, вплив та статки монахів збільшувались завдяки покровительству шляхти (зокрема Єлизавети Сенявської). Незабаром, єзуїти все-таки розпочали будівництво на місці колишніх будинків, що прилягали до західного муру. У 1630 р. зведення храму святих апостолів Петра та Павла було завершеним, а підземні частини пристосовані до захоронень.
У 1997 р. здійснено перші розкопки під керівництвом археолога Миколи Бандрівського. Під час робіт було досліджено частину нижнього ярусу підземелля і знайдено чимало речей, які належали єзуїтам. Окрім цього, археологи віднайшли стіни будинку XIV ст. і кераміку княжих часів. Саме тому відвідавши підземелля ви зможете буквально заглибитись в історію міста.
Після облаштування простору для відвідин у 2014 р. підземелля відкрили для відвідувачів. Експозиція у криптах та проходах постійно змінюється і доповнюється. У 2016 р. у підземеллі було розміщено пластичні панорами княжого, готичного і барокового Львова авторства подружжя Ігоря і Любові Качорів. Зали з макетами Львова є єдиними, де не було крипт. Це територія, яка належала колегії і використовувалась у її потребах.
Відновлюючи інтер’єр храму, у 2016 р. вдалось розчистити та відкрити для відвідувачів його праву частину, а також територію під колишньою каплицею св. Бенедикта, де були поховані фундатори храму.
Працівники музею постійно досліджують підземелля, змінюють експозиції і працюють над технічним оснащенням. У 2017 р. після тривалих досліджень вдалось відкрити нову залу, що знаходиться під притвором. Окрім цього, протягом 2019-2020 рр. відбулась презентація нових макетів: мініатюри готичного будинку та гарнізонного храму.
Підземелля неодмінно здивує новими відкриттями знову, адже недослідженого простору під «костелом Єзуїтів» набагато більше ніж відкритого на даний момент.
